PLEX-ID Автоматизированный комплекс для молекулярной диагностики инфекционных агентов и генетической идентификации ДНК человека

PLEX-ID  Автоматизированный комплекс для молекулярной диагностики инфекционных агентов и генетической идентификации ДНК человека

Производитель – компания Abbott Molecular (США)

Автоматизированный комплекс PLEX-ID позволяет быстро идентифицировать и охарактеризовать бактерии, вирусы, грибы и другие инфекционные агенты, а также проводить генетическую идентификацию ДНК человека.

Автоматизированный комплекс PLEX-ID выполнен с использованием технологии время-пролетной (TOF) высокоточной масс-спектрометрии электро-спрей ионизированных (ESI) ПЦР-ампликонов с последующим компьютеризированным программным вычислением масс соответствующих ПЦР-ампликонов и их нуклеотидного состава и сопоставлением полученных результатов с базами данных нуклеотидных последовательностей для автоматической идентификации.

Преимущества технологии PLEX-ID:

  • Быстрая идентификация (~ 5 часов);
  • Фундаментально отличный от традиционных методов идентификации подход, не требующий предварительных знаний о наличии предполагаемого агента в пробе, в основе которого лежит точное определение последовательности ДНК, позволяющее идентифицировать и количественно определить все находящиеся в пробе виды патогенов;
  • Отсутствие необходимости в наличии исходной информации по возбудителям, присутствующим в исследуемом образце.

Основные компоненты автоматизированной системы PLEX-ID:

  • Bruker Daltonics высокоточный масс-спектрометр для анализа масс ПЦР-ампликонов на платформе ESI-TOF (электро-спрей ионизация и время-пролетная масс-спектрометрия);
  • Специальный блок для удаления солей из мсеси ПЦР-ампликонов на основе магнитных частиц (Omnica);
  • Роботизированные манипулятор и держатели планшетов Thermo Electron CataLyst Express (для манипуляции с пятнадцатью 96-луночными планшетами, планшетами с магнитными частицами и планшетами для образцов);
  • Автоматическое термо-запаивающее устройство для 96-луночных планшетов Biosystems WASP;
  • Два компьютера с двойным процессором Intel Xeon и суб-система EonStor/SCSI to SATA RAID, отвечающая за контроль аналитической системы и базы данных.

Технология PLEX-ID:

  • В системе PLEX-ID для идентификации используются нуклеотидные последовательности, общие для разных классов микроорганизмов Несмотря на огромное разнообразие классов микробов, вирусов, грибов, разработчики технологии тщательно отобрали и выверили именно те последовательности в геноме, которые позволяют осуществлять четкое дифференцированное определение микроорганизмов и получать быстрые и надежные результаты для целей скорейшего выявления, эпиднадзора, иэпидемиологии микроорганизмов.
  • Известно, что бактерии имеют высоко консервативные последовательности в различных участках генома, включающие универсалные консервативные регионы в рибосомальной и других некодирующих РНК, а также гены, кодирующие основные белки бактерии. Эти консервативные последовательности могут быть использованы в качестве сайтов узнавания для специфических праймеров при амплификации последовательностей в ПЦР-анализе. Если регион, расположенный между этими консервативными консервативными последовательностями содержит вариабельные последовательности, нуклеотидный состав которых зависит от класса, к которому относится микроорганизм, то определение нуклеотидных последовательностей ПЦР-продуктов может быть использовано в качестве маркера для генетической идентификации.
  • Масс-спектрометиический метод позволяет быстро определить точную молекулярную массу анализируемых нуклеиновых кислот и рассчитывать содержание A, C, T и G нуклеотидов (т.e. нуклеотидный состав) каждого из ПЦР-ампликонов. Нуклеотидный состав продуктов ПЦР используется в качестве основы для автоматического компьютеризированного определения (в том числе и количественного) микроорганизмов, присутствующих в образце.
  • В дополнение к возможностям широкой идентификации микроорганизмов система PLEX-ID может при использовании имеющихся специфических наборов реагентов позволять проводить более детальное генотипирование выявляемых штаммов возбудителей (на наличие мутаций, приводящих к устойчивости к антибиотикам, токсичности, вирулентности и др.).
  • Помимо идентификации и генотипирования широкого спектра микроорганизмов (бактерии, вирусы, грибки) технология PLEX-ID применяется в судебной медицине и криминалистике для генетической идентификации человека. Комплекс PLEX-ID с использованием специальных реагентов позволяет проводить высокоточные анализы по генетической идентификации человека одновременно на основе праймеров как к митохондриальной ДНК (mtDNA HV1/HV-1), так и хромосомной ДНК. Для этих целей используются 13 STR-локусов (короткие тандемные повторы, включенные в международную базу данных CODIS 13.